En 2002, Paul Malartre -alors Secrétaire général de l’Enseignement catholique- crée la mission « Enseignement et Religions », pour que l’Enseignement catholique joue un rôle à la fois exemplaire et moteur en matière d’enseignement du fait religieux. D’abord dirigée par René Nouailhat, la Mission étend maintenant son action à l’ensemble du pays grâce à la mise en place progressive de “coordinateurs” locaux. Jusqu’à son départ du Secrétariat général, Eric de Labarre a maintenu cette ligne, en confiant la conduite de la Mission à Steve Lepleux. Aujourd’hui, l’IFER et la Mission Enseignement et Religions travaillent main dans la main.